中国社会科学院台湾史研究中心研究员褚静涛博士认为，马英九5月上台后，工作重心将会集中放在台湾岛内，力求化解岛内长期存在的政治冲突，帮助台湾走出目前面临经济困境。在两岸关系上，相信马英九会采取冷处理手法，会在不使两岸对峙加剧，维持现状的基础上推动两岸‘三通’，特别是两岸直航，但在两岸关系的其它领域就未必会立刻采取实际行动。
岛内冲突不会很快化解
褚静涛表示，应客观冷静地看待马英九的当选，对其当选后的两岸关系过分预期并不恰当。他说，两岸关系不太可能马上缓和，民进党的基本盘并没有变，岛内固有的冲突也不会很快化解掉，未来两岸关系发展可能仍会面临诸多变数，但相信马英九当选后，两岸关系的大局可以稳住，这不仅符合两岸人民利益，也符合亚太乃至世界的利益。
台盟中央政策研究会委员潘新洋表示，马英九的当选对两岸的和平发展具有正面积极作用，在某种意义上讲，为两岸关系的发展提供了一新的发展机遇，未来两岸关系有望由之前的因‘入联公投’等‘台独’挑衅行为导致的紧张期进入一个相对的和缓期。
潘新洋表示，马英九上台后面对的首要问题仍是台湾内部的族群矛盾问题，这一多年积累下来的问题，并不会因为马英九的高票当选而找到一个满意的解决方案，未来仍需要两岸人民共同加以疏导。
潘新洋说，马英九首先面对的将是如何理平绿营选民，使政权有一个和平的过渡，在两岸关系方面，马英九也需要尽快做出明智的选择，以便台湾摆脱当前所面临的困境。通过选举可以看出，台湾的发展系于大陆，台湾的未来系于大陆，正得到岛内越来越多的民众的认可和接受。
‘法理台独’可能性消除
对选后的两岸关系，中国社科院台湾研究所研究员王建民表示，马英九的上台标志着陈水扁‘法理台独’可能性的消除，对两岸关系的发展是一个利好。他认为，未来两岸关系有望走向经济、文化先行，政治、和平跟进的良好新局面。
王建民指出，马英九上台后面临的最大挑战将是经济问题。此前马英九提出了要使台湾的经济增长率恢复至6%的水平，但由于台湾经济增长受国际大盘影响较大，因此，经济增长变数较大。如果其当选后，目标无法实现，将成为民进党攻击的最大由头。
王建民说，马英九面临的另一个挑战在于岛内的政治方面。民进党作为在野党，爆发力很强，怎样处理和在野党之间的关系，是马英九稳定岛内政局最大的挑战。
